Posterior al tratamiento primario, el agua se trata mediante infiltración en el medio poroso, normalmente el subsuelo. De esta forma se consigue retener los sólidos en suspensión y, mediante los microorganismos presentes en el suelo, se elimina la materia orgánica disuelta.
Las aguas tratadas se evacuan por infiltración en el mismo suelo ó se recogen y se evacuan al medio natural ( sistemas drenantes) .
El area donde se realiza este proceso se llama area de percolación.
Hay diferentes opciones:
- Las zanjas de infiltración, que permiten infiltrar en terrenos de poca profundidad;
- Los pozos y cámaras de infiltración, en los cuales el agua se distribuye sobre la superficie porosa de un pozo y atraviesa varias capas de gravas de diferente tamaño hasta infiltrarse en el terreno. Se denomina pozo si tiene estructura redondeada , y se puede llamar cámara si su base es rectangular;
- Los lechos filtrantes de flujo horizontal, aplicable a terrenos permeables donde se sustituye una parte del suelo superficial poco permeable por un lecho de material arenisco para que el efluente pueda percolar
- Los lechos filtrantes de flujo vertical, cuando el suelo no es permeable y el subsuelo si lo es.
Cuando la permeabilidad del terreno no permite garantizar la depuración ni la evacuación hay que reconstituirlo mediante la combinación de un lecho de material arenisco y un sistema de tuberías para su correcta evacuación. Estos son los lechos filtrantes drenados. El terreno preexistente se sustituye por arena de sílice lavada, y la depuración se realiza mediante microorganismos adheridos a los granos de arena.
En los lechos drenados las aguas se tienen que recoger a la salida mediante una cañería para ser evacuadas. Si por falta de pendiente las aguas no circulan por gravedad se instalará un lecho drenante de flujo horizontal, mediante la sustitución del terreno por materiales filtrantes de granos de tamaño decreciente y haciendo una pequeña pendiente.
La elección del sistema y su dimensionamiento se hará en función del volumen de agua que es necesario tratar y de la permeabilidad del suelo.